Het WHC Amsterdam heeft een achterwacht overeenkomst met het BovenIJ ziekenhuis in Amsterdam. Hierdoor is 24 uur opvang en spoedeisende zorg gewaarborgd. Voor klinische opnames werkt het WHC Amsterdam samen met het BovenIJ ziekenhuis. Voor behandeling van gynaecologische oncologie wordt in de meeste gevallen verwezen naar het Antoni van Leeuwenhoekhuis. 

Op het gebied van gynaecardiologie wordt samengewerkt met Sabine Pinedo, Internist / vasculair geneeskundige (Medisch Centrum Courbetstraat).

Voor geassisteerde voortplantingsbehandelingen (IUI, IVF, ICSI) bestaan afspraken met het Sint Lucas Andreas Ziekenhuis en het Centrum voor Vruchtbaarheid Nij Barrahûs in Wolvega. (Dr. R. Bernardus, gynaecoloog).

Het WHC Amsterdam heeft voor MRI onderzoeken toegang tot de MRI afdeling van het BovenIJ ziekenhuis.

Het WHC Amsterdam maakt voor beoordeling van cytologie en pathologisch-anatomische onderzoeken gebruik van het PA Laboratorium Amsterdam. (hoofd: Josephine Alons-Kordelaar, klinisch patholoog).